Programme

Cette école thématique proposera une alternance de cours théoriques (environ 1h30 pour chaque module) pour présenter l’état de l’art et les outils, et de travaux pratiques sur ordinateur pour permettre aux participants de se familiariser concrètement avec un certain nombre d’outils, sur des données tests. Des tables rondes seront organisées après le repas du soir pour approfondir certaines questions en fonction des demandes des participants. Pour chacune des questions présentées comme axes du programme, un ou deux outils seront mis en avant.

Ainsi, le programme se déclinera en plusieurs parties, chacune ciblant une question précise :

1) Définir et expliquer les bonnes pratiques dans l’analyse bioinformatique des ET

2) L’annotation des ET dans les génomes assemblés et non assemblés

3) L’identification du polymorphisme d’insertions entre individus/populations et un génome de référence

4) Les analyses transcriptomiques et épigénétiques des gènes et des ET

5) Pour aller plus loin dans la compréhension des ET : les analyses évolutives des ET